中国医学科学院阜外医院深圳医院是经国家卫生健康委员会批准、由国家心血管病中心 中国医学科学院阜外医院和深圳市政府联合创办的深圳市的唯一一所公立三级甲等心血管专科医院，是深圳市政府医疗卫生“三名工程”重点项目；2022年10月获批“国家区域医疗中心”；2024年12月，心血管疾病全国重点实验室由中华人民共和国科学科技部批复建设，阜外医院深圳医院成为深圳首家（唯一）挂牌全国重点实验室的医院。2018年11月，深圳市人民政府与国家心血管病中心 中国医学科学院阜外医院签订战略合作框架协议，全面托管深圳市孙逸仙心血管医院。医院第一名称为“中国医学科学院阜外医院深圳医院”，第二名称为“深圳市孙逸仙心血管医院”，加挂心血管疾病全国重点实验室、“国家心血管疾病临床医学研究中心•深圳”、深圳市心血管疾病重点实验室、深圳市心血管疾病防治中心牌子。医院位于深圳市南山区朗山路12号，占地面积22458.16平方米，建筑面积88470平方米，目前规划600张床位。医院立足发展优势学科，对标北京阜外科室设置心血管亚专科系统，是深圳市纳入国家布局承担重点疾病防治功能的高水平医院。2023年度中国医学院校/中国医院科技量值(STEM)排行榜中，医院心血管病学、心血管外科学两大核心学科均位居深圳榜首。医院心血管内科和心脏大血管外科为省级临床重点专科，心室辅助技术为市级临床重点技术。医院二、三期项目正在建设中，未来将成为1600床规模的集医疗、科研、教学、保健、康复、预防和产业转化为一体，立足深圳，服务粤港澳大湾区，辐射南亚、东南亚，国内一流、国际先进的国家级医疗中心。